《沉默》改編自著名日本作家遠藤周作的同名小說故事發生在德川幕府時代禁教令下長崎附近的小村子一個葡萄牙耶穌會的教士偷渡到日本傳教并調查恩師因遭受「穴吊」酷刑而宣誓棄教一事因為這事在當時歐洲人的眼中不只是個人的挫折同時也是整個歐洲信仰、思想的恥辱和失敗在傳教與尋訪的過程中信仰與反叛、圣潔與背德、強權與卑微、受難與恐懼、堅貞與隱忍、掙扎與超脫……所有的兩難情境都面臨了逼迫著他對基督的信仰進行更深層且更現實的思索最終他彷佛也走過一趟恩師的心路歷程擁有自己對信仰的詮釋與實踐